کویر بافق در فرو رفتگی مشرق یزد که در واقع فرو رفتگی اصلی کویر یزد هست، قرار گرفته. رودخونه‌های اصلی این کویر به بخش جنوبی وارد میشن و به همین دلیل مخروط افکنه‌های حاشیه‌ای و معمولا سفید رنگ اطراف این کویر نشون دهنده شوری قابل توجه زمین‌های اطراف این کویر هستن. طول کویر بافق حدود 75 کیلومتر و عرض اون حدودا 20 کیلومتره و مساحت اون هم حدود 750 کیلومتر مربعه. 60% از این کویر رو زمین‌های رسی و 40% از اون رو نمکزار پوشونده. زمین‌های رسی بخش جنوبی و شمال غربی این کویر را پوشوندن. رودخونه‌های جنوبی باعث زیاد شدن گیاهان شور زیست در قسمت جنوبی این کویر شدن، در حالی که در قسمت‌های شمالی و یا نزدیک سطح نمکزار، به خاطر شوری بیش از حد زمین، هیچ گیاهی وجود نداره.