کلیسای مریم مقدس دومین کلیسای قدیمی شهر اصفهان هست که در سال 1613 میلادی و همزمان با دوران صفویه به وسیله یکی از تجار اون زمان به نام آوِدیک باباکیان ساخته شده. کلیسای هاکوپ یا یعقوب مقدس هم که قدیمی‌ترین کلیسای اصفهان محسوب میشه، داخل کلیسای حضرت مریم قرار داره. پلان اولیه این کلیسا صلیبی بود ولی به خاطر تخریب‌هایی که شکل گرفت مستطیلی شد و روی سقف اون هم سه گنبد کوچیک هست. گنبد اصلی کلیسای مریم مقدس 4 نورگیر داره. این کلیسا بیشتر از خشت، آجر، گچ و کاهگل ساخته شده. داخل این کلیسا هم نقاشی‌های خیلی زیبایی هست که با هنرمندی تموم کشیده شدن.