موزه مارکار در ساختمونی که قدمتش بیش از 80 ساله و معماری بی نظیر و با شکوهی داره، قرار گرفته. این بنای آجری قبلا خوابگاه شبانه روزی دانش آموزای دبستان و دبیرستان مارکار بوده. این بنای زیبا و پر نور معماری خاصی داره، جوری که بیشترین استفاده از نور خورشید و بیشترین ماندگاری انرژی رو داره. این مجموعه، برای تامین آب مورد نیازش از آب انبار، گاورو، پاکنه(پله‌ای که داخل قنات ساخته میشد) و راه قنات استفاده می‌کرده که خوشبختانه همه اینها قابل بازدید هستن.
حمام و توالت‌های قدیمی در محوطه مجموعه، بازدیدکننده‌ها رو با سبک زندگی مردمی که 80 سال پیش زندگی می‌کردن، آشنا می‌کنه. موزه تاریخ و فرهنگ زرتشتی‌ها، در زیرزمین مجموعه قرار داره. در این موزه، گردشگرها با تاریخچه مجموعه آموزشی مارکار و زندگی نامه پشوتن جی دوسابایی مارکار، بنیانگذار مجموعه، آشنا میشن. جشن‌ها و آیین‌های سنتی زرتشتی‌ها، اشوزرتشت نخستین پیام آور ایرانی، گات‌ها کتاب مقدس زرتشتی‌ها، پوشش سنتی زرتشتی‌ها، زیارتگاه‌های زرتشتی‌ها مثل چک چک و بناهای شاخص زرتشتی‌ها مثل دخمه و آتشکده یزد، از جمله قسمت‌های مختلف موزه بودن.