مسجد خواجه خضر یکی از مساجد تاریخی در کرمان است که بنای اولیه آن به اوایل قرن 7 ه.ق برمی‌گردد. این مسجد در محله خواجه خضر، یکی از محله‌های بسیار قدیمی در کرمان است. مسجد تاریخی خواجه خضر بر اثر زلزله در سال 1361 ه.ش تخریب شد و در سال 1358 ه.ش بازسازی مسجد به پایان رسید. از مصالح آجر در ساخت این مسجد استفاده شده و نمای داخلی و خارجی بنا را با کاشی‌کاری‌های فیروزه‌ای تزئین کرده‌اند. در هنگام بازسازی مسجد خواجه خضر، محراب را به شیوه مسجد قدیمی ساختند که هویت مسجد گذشته را زنده نگه دارند. در وسط حیاط مسجد حوضی کوچک قرار دارد که زیبایی خاصی به مسجد بخشیده است