مدرسه خان یک مدرسه‌ تاریخی هست که به همت الله‌وردی خان گرجی و پسرش امام‌قلی‌خان، در شهر شیراز و همزمان با حکومت شاه عباس صفوی بنا شده. الله وردی خان گرجی با این اقدام خودش، یک دانشگاه تمام عیار رو بنا کرد . در اون علاوه بر حکمت، فقه و ادب، درس‌هایی مثل نجوم، علم حساب، هندسه، زمین‌شناسی، جانورشناسی، گیاه‌شناسی و شیمی تدریس میشد. الله وردی خان که از سال 1004 تا 1022 حاکم فارس بود، یک مرد آزاداندیش و یک سردار آزاده بود که با انزوا و حبس افکار آزاداندیش و الهی مخالفت میکرد. جناب ملاصدرا هم که به خاطر حکم علمای اصفهان مرتد شناخته شده و در کهک قم تبعید شده بود. با دعوت الله وردی خان به شیراز اومد و در مدرسه خان شروع به تدریس کرد.
درباره رتبه علمی و سطح مدرسه خان همین رو باید بگم که اون زمانی که شرط پذیرش دانشجو در مدرسه‌های اصفهان این بود که علوم معقول رو یاد نگیرن، برعکس شرط این مدرسه این بود که حتما باید یک مدرس علوم معقول در مدرسه تدریس کنه. حتی الله وردی خان در وقفنامه مدرسه تاکید کرده که اختیار تدریس رو به ملاصدرا واگذار می‌کنم تا هر درسی رو که میخواد در برنامه درسی قرار بده. ملاصدرا بعد از بازگشت به شیراز، تدریس در این مدرسه نوساز رو آغاز کرد. درخشان‌ترین دوره زندگی ملاصدرا دوره‌ای بود که در مدرسه خان تدریس میکرد. چون علاوه بر کار تدریس، کتاب‌های مختلف و ارزشمندی رو نوشت و به دانشجوهای زیادی خدمت کرد. زیر بنای مدرسه خان که به سبک بناهای درونگرا طراحی شده، 7686 متر مربعه و در دو طبقه ساخته شده. این بنا صد حجره برای اقامت طلاب داشته که در حاضر هفتاد تا حجره از اون تعداد باقی مونده.
صحن مدرسه با یک حوض هشت گوش که وسط قرار گرفته و چهار باغچه در چهار طرفش، به همراه نقش آفرینی درخت‌های نارنج و نخل تزیین شده. موقع ساختن مدرسه و حتی اوایل دوره زندیه، دو طرف جبهه غربی مدرسه دو گلدسته بلند آجری با تزیین‌ها و کاشی‌کاری زیبایی وجود داشته . به خاطر اینکه روی ارگ حکومتی کریمخان سایه مینداخته خراب شده. کاشی کاری‌های سقف مدرسه شبیه کاشی کاری مسجد شیخ لطف الله اصفهان هست . در حاشیه سقف آیه‌هایی از قرآن با خط ثلث عالی وجود داره با توجه به کتیبه‌اش، در سال 1024 ه.ق نوشته شده.