خانه موزه آیت الله کاشانی در بازارچه نائب السلطنه، عمارتی قاجاری است که از بخش اندرونی و بیرونی تشکیل شده است. در ضلع شمالی، جنوبی و غربی بنا تعدادی اتاق دو دری و سه دری قرار گرفته است. ارتباط اتاق‌ها با یکدیگر از طریق درب‌های میانی است. با بسته شدن این درب‌ها هر اتاق به موقعیتی مجزا تبدیل شده که تنها از طریق درب‌های ورودی امکان تردد به آن‌ها وجود دارد. ضلع شرقی حیاط فاقد هرگونه بنا و سازه‌ای است. در حیاط دو ورودی به زیرزمین وجود دارد که یکی در ضلع شمالی و دیگری در ضلع جنوبی آن واقع شده است. ارسی سه دری شاه نشین، یکی از معدود تزئینات خانه به شمار می‌آید. به غیر از این خانه تزئینات خاص و منحصر به فردی ندارد و بیش از ارزش معماری، هویت تاریخی آن است که مورد توجه قرار گرفته، هویتی که بخش مهمی از تاریخ معاصر ایران را رقم زده است.