تپه قلعه خندان مربوط به دوره ساسانیان و دوره‌های تاریخیِ بعد از اسلام هست.
برای اولین بار فردی به اسم ژاک دمرگان در سال ۱۸۹۶ میلادی اومد تپه قلعه خندان رو از نزدیک دید، نقشه و تعدادی عکس هم ازش تهیه کرد. سال ۱۳۸۸ هم گروه باستان‌شناسی، برای لایه‌نگاری و مشخص کردن سازه‌های معماری اون فعالیت‌هایی انجام دادن و مثل اینکه یه سری خشت‌ که متعلق به اواخر دوره ساسانی بوده و حتی آثاری هم از قرن‌های اولیه اسلام تا دوره صفویه در این تپه پیدا شده. این قلعه باستانی تا دوره صفویه در برج و باروی استرآباد قرار داشته. ولی بعد از تخریب‌اش در دوره افشاریه، برج و باروی جدیدی برای اون در دوره قاجار کشیده شد که دیگه قلعه خندان بیرون از شهر قرار گرفت.