بقعه سید رکن‌الدین از بناهای تاریخی و مذهبی یزد هست. این بقعه به دلیل هنرهای تزئینی خاصی که داره از جاذبه‌های دیدنی این شهر به شمار میره. بقعه سید رکن الدین سردر و گنبد زیبایی داره که به وسیله کاشی‌های ساده و زیبا و یک کتیبه به خط کوفی که مربوط به قرن هشتم هجری قمری میشه، تزیین شده. روایت شده که بنای بقعه رو امیر رکن الدین محمد قاضی برپا کرده. سید رکن الدین محمد قاضی عارف و دانشمند قرن هشتم هجری قمری بوده که مدرسه رکنیّه رو هم بنا کرده. در کتاب‌های تاریخی یزد، از این مدرسه و قسمت‌های مختلف اون مثل رصدخانه، دارالکتب و غیره یاد شده.
این بنا سال ۷۲۵ هجری قمری ساخته شده و محل دفن سید رکن الدین محمد قاضیه و شامل گنبد، گچ بری‌های خطوط اسلیمی داخل ایوون بلند و مقرنس‌های چهارگوشه بنا و محراب بلند، میشه. داخل بقعه آثار تزئینات آجرکاری و خطوط کوفی و نستعلیق، روی دیوارها و حتی روی سقف وجود داره که با آب رنگ نقاشی شده. بقعه سید رکن الدین کنار مسجد جامع کبیر یزد قرار داره. این بقعه بیشتر از یک متره که پایین‌تر از سطح کوچه ساخته شده و شامل میان سرا، ایوون و فضای زیر گنبد میشه. داخل میان سرا، خیلی ساده هست و غرفه و بقیه ساختارهای معماری رو نداره.
مردم یزد میگن در یک روز چهارشنبه، چند نفر خانم برای پابوس به زیارت امامزاده سید رکن‌الدین رفتن و حاجت خواستن. امامزاده هم حاجت اون‌ها رو اجابت کرده. از اون روز به بعد در روزهای چهارشنبه، خانم‌ها برای رسیدن به حاجت خودشون به زیارت این امامزاده که به امامزاده چهارشنبه معروف شده، میرن. برای همین آقایون روزهای چهارشنبه به زیارت سید رکن الدین نمیرن. اگه مردی اتفاقی در اون روز به اون‌جا بره، به خاطر برپایی مراسم خانم‌ها از ورودش جلوگیری میشه. بقعه سید رکن الدین در سال ۱۳۱۴ با شماره ثبت ۲۴۶ به‌ عنوان اثر ملی ثبت شده.